El cambio climático, impulsado principalmente por la actividad humana, está marcado por la liberación de gases de efecto invernadero, como dióxido de carbono, óxido nitroso y metano, que retienen el calor del sol en la atmósfera. Estos gases son parte de los ciclos biogeoquímicos y son esenciales para regular los ecosistemas, siendo los microorganismos clave en este proceso. En los humedales del Salar de Atacama por ejemplo, diversas bacterias y arqueas participan en la fijación y liberación de nitrógeno. También, como las microalgas hay diversas bacterias y arqueas que realizan procesos bioquímicos, como la fotosíntesis. Los tapetes microbianos en estos ecosistemas actúan como grupos donde se acoplan ciclos biogeoquímicos y procesos bioquímicos, lo que contribuye tanto a la producción como al consumo de gases de efecto invernadero. Aunque estos microorganismos podrían estar aumentando la acumulación de estos gases, también actúan como una barrera mecánica y una fuente de oxígeno, lo que sugiere un papel importante en la regulación del clima.