Las principales quebradas en el territorio, como Hécar, Catarape, Talabre, Cari, Patos, Chaile, Querico y Quebrada Honda, son estancias de pastoreo y cuentan con infraestructuras como acequias y canales de regadío. Los sistemas lagunares en el Salar de Atacama, como la laguna Chaxa, el canal de Burro Muerto, la laguna Barros Negros y la laguna Pular, son hábitats para una diversidad de microbiota y fauna. En términos ecológicos, el factor biótico abarca la fauna y flora interactivas en un lugar específico, en el caso del salar, los tapetes microbianos, fitoplancton y fitobentos son los que sustentan la vida, con presencia de diatomeas, cianobacterias y otras especies. Las especies emblemáticas como Dunaliella salina, Artemia franciscana, flamencos y lagartijas endémicas destacan en la biodiversidad del Salar en la que cada una cumple con un rol muy importante, así que la conservación de estas especies es crucial para el equilibrio del ecosistema. Además, la relación ancestral de las comunidades originarias con el Salar refuerza su papel como protectores del entorno natural y cultural, subrayando la importancia de su participación en su gestión y preservación.